Fue el inicio de una asociación profesional y romántica. Tanto Baker como Abtey estaban casados, aunque separados de sus respectivas parejas. Abtey había enviado a su esposa e hijo al campo francés a raíz de la guerra. En 1937, como novia del industrial galo Jean Lion, Baker renunció a su ciudadanía estadounidense y también a su llamativo estilo de vida. Se preparaba para ser “simplemente Madame Lion”. Pero después de enterarse de que su cónyuge andaba siempre de juerga y derrochaba el dinero, solicitó el divorcio en 1939.
Aunque las tropas de Hitler avanzaban hacia el corazón de Europa, Baker se mantuvo en París y sus alrededores, además de que usaba sus habilidades como piloto (Lion le había dado algunas clases) para transportar ayuda a los refugiados en los Países Bajos, y trabajaba para las tropas a lo largo de la Línea Maginot. A principios de junio de 1940, Baker, impulsada por Abtey, abandonó París, días antes de que las tropas alemanas desfilaran por sus avenidas. En su automóvil llevaba botellas de champán llenas de gasolina (bombas molotov), así como a una pareja de ancianos judíos belgas que huían de los alemanes.
Su destino era el Château des Milandes, que había alquilado tres años antes. Ese castillo del siglo XV se convirtió en una fortaleza que albergó a un grupo de la resistencia. En medio de las movilizaciones de las fuerzas de la Francia Libre de De Gaulle, Baker y Abtey encontraron tiempo para pasear en canoa a lo largo del río Dordoña. Él también le enseñó a usar una pistola y le proporcionó una píldora de cianuro en caso de que fuera capturada.
Oficialmente, ya no había una Oficina de Deuxième, pero extraoficialmente sus agentes seguían en pie de guerra. Un día de otoño, cuando Baker se reunió con dos ex agentes de la Oficina, un grupo de oficiales nazis llegó inesperadamente al castillo. Baker, después de esconder a sus compañeros, se hizo pasar por la dama de la casa, quien se mostró impaciente con la intrusión alemana. Según el relato de Lewis, basado en los escritos de un veterano de la resistencia llamado Gilbert Renault (su nombre de guerra era Coronel Rémy), su forma de comportarse hizo que los nazis no sospecharan nada. Actuó como si no tuviera nada que ocultar.
Un ex comandante de la Oficina, Paul Paillole, los sacó de su marasmo cuando les comunicó que tenía un trabajo para ambos. Paillole ya había establecido una red clandestina en la ciudad de Marsella, pero necesitaba urgentemente restablecer las líneas de comunicación con Gran Bretaña, a fin de que los ingleses se enteraran de los movimientos del enemigo en el continente y en el norte de África. Compiló un informe, que incluía detalles sobre las bases aéreas nazis en toda Francia, los agentes alemanes que deambulaban por Gran Bretaña e Irlanda, y los planes del Eje para tomar Gibraltar. La información debía ser transportada por alguien que pudiera moverse libremente, sin despertar sospechas.
En noviembre de 1940, Baker y Abtey atravesaron en tren la España del fascita Franco, con Baker envuelta en elegantes vestidos y Abtey, como su acompañante. La historia era que Baker estaba de gira, asistida por “Jacques Hébert”, su gerente. Junto al vestuario y el maquillaje, los baúles de la artista contenían los documentos de Paillole, escritos en tinta invisible, los cuales iban entre los paquetes de partituras. Cuando Baker desembarcó, nadie se preocupó por su equipaje ni por el hombre que la atendía.
En cambio, cuenta Lewis, funcionarios franceses, españoles y alemanes “se agolparon alrededor de Josephine, desesperados por ver, sentir, tocar; en una palabra, por disfrutar del resplandor de esa famosa sonrisa”. En Lisboa, mientras Baker llamaba la atención -“Vengo a bailar, a cantar”, dijo a los periodistas-, Abtey se encargó de que aquellos valiosos archivos pasaran de la embajada británica a las manos de Wilfred Dunderdale, un espía del Servicio Secreto de Inteligencia de Londres.
En el verano de 1941, Baker y Abtey estaban en Marruecos, luego de entregar más información a Gran Bretaña, esta vez a través de un grupo de diplomáticos estadounidenses. Baker enfermó entonces de peritonitis y estuvo postrada en cama durante más de un año. Según Lewis, la Clínica Comte de Casablanca, donde estaba internada, se convirtió en un punto de encuentro, pues los contactos llegaban como “visitantes” para solidarizarse con la artista enferma. De esta manera, la clínica operó como un centro de inteligencia perfecto.
Durante su enfermedad Baker bajó mucho de peso y tuvo ataques de llanto. El 6 de diciembre de 1942, un mes después de la invasión aliada del norte de África, el Times publicó que Josephine estaba fuera de peligro.
Después de su recuperación, Baker reanudó sus actividades para las tropas aliadas: llevó a cabo una gira de recaudación de fondos y para reforzar la moral de las tropas, junto a Laurence Olivier y Vivien Leigh. Ella y Abtey también escribieron un expediente de inteligencia para el gobierno de la Francia Libre, mientras ella actuaba en Alejandría, El Cairo, Damasco y Beirut.
El romance de Baker y Abtey apenas sobrevivió a la guerra. Años más tarde Josephine escribió que quizá habría podido vivir con Jacques. Pero, Abtey le confió a un amigo que “no podía tolerar ser ‘Monsieur Baker’; en otras palabras, vivir a su sombra”.
En 1947, Baker compró el Château des Milandes y se casó con el compositor francés Jo Bouillon. No obstante, ella y Abtey continuaron apoyándose mutuamente durante varias décadas. En 1957, Baker fue galardonada con la Legión de Honor por los servicios que había prestado a la causa aliada. Sin embargo, ella todavía tenía algunas batallas por librar, pues había prometido a los afroamericanos que respaldaría una guerra contra la segregación después de que concluyera la guerra contra el fascismo.
A lo largo de los años cincuenta y sesenta, Baker reafirmó su igualitarismo racial y rechazó actuar en clubes segregados y en establecimientos que se negaban a servir a clientes negros en EE. UU. Por ese solo hecho fue acusada de “simpatías comunistas”, le revocaron su visa y la repatriaron a Francia. Por su parte, el FBI, después de recibir información de inteligencia sobre la actividad de Baker en tiempos de guerra, le abrió un expediente. Era la sombría época del Macartismo.
Baker a veces se describía a sí misma como una fugitiva de la injusticia: “Me escapé de casa. Me escapé de St. Louis. Y luego me escapé de los Estados Unidos de América, debido a ese terror a la discriminación, esa bestia horrible que paraliza el alma y el cuerpo”. Tenía cincuenta y siete años cuando habló en la Marcha de 1963 en Washington: fue una de las dos mujeres (la otra fue Daisy Bates) a las que se les permitió tomar la palabra ese día. Llegó vestida con el uniforme de la Fuerza Aérea Francesa Libre.
Aunque para entonces ya no actuaba mucho y, en consecuencia, sus finanzas se habían reducido, se embarcó en la creación de una nueva generación: adoptó a una docena de niños de varios continentes y países a los que llamó la Tribu del Arco Iris.
En una tarjeta de Navidad escribió sobre “doce pequeños niños que fueron arrastrados juntos por una brisa suave como símbolo de hermandad universal”. En 1975, logró actuar en una revista-tributo en París, para celebrar medio siglo en el mundo del entretenimiento. Cuando murió de una hemorragia cerebral, unos días más tarde, se convirtió en la única mujer de Norteamérica cuyo funeral ha recibido honores militares franceses.
